Eu nunca me aprofundei no sistema de batalha do Rm2k3, mas depois de ler a documentação notei que ela não é muito clara de como isso pode ser personalizando apenas movendo alguns pixels, está tutorial servirá para isto.

Para facilitar eu fiz um template com os limites de cada parte divididos por cores:

Parte 1: Seta para selecionar o alvo da ação

Tamanho: 3 frames com 16x16 pixels

Estes três itens permitem criar uma animação com 3 frames na sequencia 1, 2, 3, 2 e volta à repetir, então faça algo simples como um objeto que mude de tonalidade ou um cursor que seja ligado ao tema do seu jogo

Parte 2: Seta para seleciona o membro do time que já estiver disponível

Funciona exatamente igual ao anterior, porém fica acima da cabeça

Parte 3: Números que representam HP e SP do personagem

Cada caixa tem um limite de 8x16 pixel e representa um digito decimal, começando do zero. Está barra pode ser completamente removida apenas cobrindo com a cor de transparência, já que ele pode poluir um pouco as barras, e ele também está disponível apenas no Type C do Battle Screen:

Considerando o cursor e números removidos o template estaria nesta etapa:

Agora vamos à parte mais complexa e talvez a mais divertida:

Left edge:

Aqui você terá um espaço de 16x16 pixels para desenhar a borda e talvez um ícone para a barra, você pode diminuir a altura para encaixar com borda acima e abaixo. Um exemplo simples:

Back bar:

Aqui você também tem 16x16 pixels, porém no jogo ele ficará com 25x16, que é para ter um espaço para esticar a barra dentro dele. Você deverá desenhar a parte superior e inferior da borda dentro deste limite se for o caso

(Eu não sei por que 25 e não 24 que é um valor divisível por 8)

Right edge:

Aqui o limite é 8x16, ou seja, o restante ficará atrás do Face/Portrait do próximo membro do time em batalha

Remainder of the right:

Assim como o anterior a largura também é de apenas 8 pixels, você pode apenas completar com a cor transparente para fazer com que tenha uma espaçamento entro o status de cada personagem na batalha

Bar:

Este tem 32x16, este também chegará até 25x16 no jogo encaixando perfeitamente sobre o Back bar, ou seja, a altura e posição Y na imagem devem corresponder:

As barras podem simular um degradê de cima para baixo sem distorcer a imagem quando ela for esticada no jogo; escolha cores diferentes para ajudar a identificar a função de cada barra. Neste exemplo, vou manter as cores clássicas:

Agora basta remover o fundo se estiver usando um editor com suporte à camadas ou substituir cores do template não usadas, com isso você já pode testar no seu projeto, veja o resultado desta tutorial:

E aquela parte que parece uma grade sem nenhum propósito? Assim como a medida estranha mencionada anteriormente eu presumo que talvez algo a mais fosse ser incluído durante o desenvolvimento do sistema de batalha do Rm2k3, mas como nunca houve atualizações do estúdio original nunca saberemos.